Paléojura souhaite assurer et développer le potentiel scientifique des découvertes paléontologiques jurassiennes, en collaborant étroitement avec d’autres institutions de recherches (universités, musées, Académie des sciences naturelles, etc). La création d'un centre de compétences en paléontologie et géologie, reconnu aux niveaux national et international, est le garant d'une recherche scientifique active.
D’un point de vue plus global, la paléontologie s’inscrit dans la thématique des sciences de la Terre. Elle côtoie donc d’autres axes scientifiques complémentaires pour l’étude et l’histoire de notre planète telles la géologie ou la climatologie par exemple.
Souvent confondues, la paléontologie et l'archéologie sont des disciplines distinctes, tout en étant proches. La limite entre paléontologie et archéologie est ténue, preuve en est que l’on peut penser à l’une en évoquant l’autre. Les différences sont temporelles et thématiques. La paléontologie recherche et étudie les vestiges fossiles, tandis que l’archéologie s’attarde sur l’Homme, la production des premiers outils (- 2 millions d'années), ses cultures ou son histoire. Ces deux thèmes de recherche se chevauchent durant le début de la préhistoire, la paléontologie dans le Jura s'arrêtant notamment avec la disparition des derniers mammouths (-15'000 ans).
A travers l’étude paléontologique des éléments du passé, c’est notre propre histoire que nous appréhendons. A mieux connaître son passé, par les connaissances sur les extinctions ou l’évolution du règne animal et végétal, sur les bouleversements géologiques ou météorologiques qui racontent l’histoire de notre Terre, c’est notre présent et notre avenir que l’on préserve.