Afin de promouvoir la richesse du patrimoine paléontologique, paléojura travaille étroitement avec différents acteurs jurassiens impliqués dans la recherche et la conservation des découvertes paléontologiques.
Le Musée Jurassien des sciences naturelles situé à Porrentruy, est l’institution responsable, notamment, de la conservation du patrimoine jurassien naturel. Rattaché à l'Office cantonal de la culture, le MJSN est appelé à assurer la conservation et la gestion du patrimoine paléontologique mis au jour dans le cadre des fouilles de l’A16. De nombreuses animations proposées par paléojura sont faites en étroite collaboration avec cette institution.
La Paléontologie A16, rattachée à la Section d’archéologie et paléontologie de l’Office cantonal de la culture, est en charge des fouilles paléontologiques et des recherches scientifiques menées sur le tracé de l’autoroute A16 depuis 2000. Elle a pour but de sauvegarder, d'analyser et d'étudier le patrimoine paléontologique avant la construction de l'autoroute. Cette structure a permis de mettre en place un réseau national et international d'échanges scientifiques et de développer des compétences techniques en matière de paléontologie.
La Fondation paléontologique jurassienne (FPJ), établie à Glovelier, a été créée en 2002. Le canton du Jura y est officiellement représenté par le conservateur du Musée jurassien des sciences naturelles. La Fondation a constitué une collection remarquable de plus de 40'000 fossiles, tout en disposant d'une connaissance approfondie de la géologie jurassienne.