Chef-lieu du district, la ville de Porrentruy, avec ses voies de communication par le rail et l'autoroute, constitue le point d'entrée pour découvrir le patrimoine paléontologique en Ajoie.
Paléojura prévoit le développement d'équipements permettant d’accueillir le public et de lui procurer une préparation aux parcours sur le terrain. L'actuel Musée jurassien des sciences naturelles aura pour mission de conserver et gérer les collections des fossiles en provenance des fouilles autoroutières.
En lien avec la création d’un centre de compétence en paléontologie et géologie, les infrastructures d'exposition et de stockage seront complétées par des équipements tels que des bureaux de travail pour les chercheurs, une bibliothèque, un laboratoire et des locaux techniques pour la préparation des fossiles.
Afin de permettre l'accueil de classes lors des ateliers pédagogiques, ainsi que des groupes, diverses structures seront aussi renforcées et développées à Porrentruy.