Basé sur trois axes complémentaires (scientifique, pédagogique et touristique), paléojura se décline à travers la mise en place de partenariats, des animations et la définition de futures infrastructures d'accueil à Porrentruy et autour de Courtedoux.
Les activités de paléojura sont extrêmement diversifiées. Pour garantir l'avance du projet et sa concrétisation, paléojura a identifié des "projets thématiques" qui sont gérés par le "Groupe opérationnel". Ce groupe constitue l'une des trois entités de suivi du projet paléojura, les deux autres étant la "Cellule de pilotage" en charge des décisions budgétaires et le "Comité paléojura", organe déterminant les orientations stratégiques de paléojura.
Le "Groupe opérationnel" est composé de la cheffe de projet paléojura, du conservateur du Musée jurassien des sciences naturelles et du responsable de la Paléontologie A16, rattachée à la Section d'archéologie et paléontologie de l'Office de la culture. Un représentant de la HEG-Arc de Neuchâtel assiste, par mandat, les réflexions budgétaires du groupe opérationel. Les projets thématiques sont définis au sein de ce groupe, et leur concrétisation est confiée à travers des mandats externes ou en faisant appel aux compétences internes de l'administration jurassienne.