Seit langem ist bekannt, dass die geologischen Schichten des Jura unzählige Fossilien enthalten. Somit konnte sich die Region in den Geowissenschaften bereits seit dem 19. Jhdt. einen Namen machen. Durch den Bau der Autobahn A16 wurde dieses paläontologische Kulturgut ans Licht gebracht. Weiterhin ergab sich daraus das Projekt Paléojura zum Erhalt der Schätze für die Nachwelt.
Im Jahre 2000, wurde anlässlich der Bauarbeiten für die Nationalstrasse A16, auch „Transjurane“ genannt, neben Archäologen auch ein paläontologisches Team mit der Untersuchung des Geländes auf dem zu bauenden Autobahntrassenabschnitt beauftragt. Der Anstoss dazu wurde von Fachkreisen sowohl ausserhalb des Kantons (Universität und Naturhistorisches Museum Basel und Universität Freiburg), wie auch von innerhalb (Paläontologische Stiftung des Jura) gegeben. Daraufhin wurde die Sektion Archäologie und Paläontologie (AAP) geschaffen, die dem kantonalen Amt für Kultur untersteht. Die paläontologische Abteilung Paläontologie A16 ist für die Überwachung der Ausgrabungen und die paläontologische Dokumentation zuständig.
Seit 2002 fördern die Ausgrabungen entlang der Autobahntrasse zwischen Porrentruy und Boncourt Dinosaurierspuren aus der Jura-Zeit (-152 Millionen Jahre) zu Tage und haben dadurch international das Interesse der Wissenschaftler und auch der Medien geweckt. Neben diesem bemerkenswerten Aufkommen an Dinosaurierspuren wurden auch Fossilien von Weichtieren, Schildkröten, Krokodilen und Pflanzen aus demselben Zeitalter entdeckt. Ausserdem wurden in der Region von Delsberg Überreste aus der Tierwelt des Känozoikums (-30 Millionen Jahre) gefunden, so unter anderem Mammutreste und Pflanzen (Baumstämme und Holzfragmente). In der Region Courtedoux und Boncourt führten Ausgrabungen von Dolinen (Karsttrichtern) zu Funden von Mammutstosszähnen und -knochen aus dem Pleistozän (ca -100'000 bis - 30'000 Jahre). Zu diesen Fossilienfunden kommen zahlreiche sedimentologische und stratigraphische Daten hinzu, die unsere Kenntnisse über die Geologie der Jurakette bedeutend erweitern.
Im Jahre 2003 warfen mehrere Vorstösse im Parlament die Frage einer möglichen Aufwertung der Funde durch die Gründung eines Geoparks auf (Motion Nr.720, in ein Postulat umgewandelt).
Angesichts dieses aussergewöhnlichen Erbes stellt der Kanton Jura ab 2004 Überlegungen an, um ein Konzept zur Förderung dieser Funde zu bestimmen. Eine Arbeitsgruppe aus Vertretern regionaler Wirtschafts-, Kultur- und Tourismusverbände sowie kantonaler Fachstellen und der betroffenen Gebietskörperschaften wurde gegründet.
Anfang 2006 wurde der jurassischen Regierung ein Bericht übermittelt. Die Behörden bestätigen die Schlussfolgerungen des Berichts und präsentieren diese anlässlich einer Pressekonferenz im Juli 2006. Aufgrund der immensen Bedeutung dieses Gutachtens und seiner Auswirkungen auf zahlreiche Bereiche wurde die für die Legislatur 2007-2010 zuständige Regierung mit der Überprüfung des Konzepts beauftragt.
Im Jahre 2007 wird im Parlament eine Motion mit dem Titel Jurascope (Nr. 810) besprochen, die eine Alternative zu der im Bericht der Arbeitsgruppe vorgeschlagenen Entwicklung enthält. Nach parlamentarischen Diskussionen wurde diese Motion in ein Postulat umgewandelt.
Im April 2008 stellt die Regierung dem jurassischen Parlament die Botschaft "Paléojura" vor. Sie hat zum Ziel, die Funde zur Geltung zu bringen und stützt sich auf drei Achsen: Wissenschaft, Tourismus und Pädagogik. Die Wirtschaftskommission beschäftigt sich über Monate hinweg mit der Analyse der Botschaft, bevor diese dann zur Diskussion steht und im September 2008 vom Parlament einstimmig angenommen wird.
Im August 2008 nehmen 30 Schulklassen aus dem Jura, dem Berner Jura und Neuenburg am pädagogischen Workshop "Zeichne mir ein Fossil" teil, der in Zusammenarbeit mit dem Jurassischen Museum für Naturwissenschaften (MJSN) organisiert wird. Dieses Freizeitangebot zeugt vom Potential der pädagogischen Aktivitäten von Paléojura.
Der Rahmenkredit von Paléojura trat mit einem Netto-Budget von CHF 3,5 Millionen am 1. November 2008 in einer ersten Phase für eine Dauer von vier Jahren in Kraft (2008-2011).
Im März 2009 wurde eine Projektleiterin zur Verwaltung des Projektes Paléojura ernannt. Über das ganze Jahr hinweg finden verschiedene Aktivitäten statt, so zum Beispiel der pädagogische Workshop "Zeichne mir ein Fossil", ein Tag der offenen Tür an einer Ausgrabungsstätte, die Einladung von Wissenschaftlern an die Ausgrabungsorte im Rahmen eines internationalen Kongresses. Die Paléojura-Begleitgruppen wurden festgelegt und treffen sich seitdem regelmässig. Die Kontakte mit den verschiedenen Partnern und Institutionen werden weitergeführt und intensiviert.